在困難模式中，敵人的攻擊力加倍，打倒敵人、割草時不出現心。除了首領，其他敵人也變為強敵，和敵人戰鬥的方式、回復手段都變得非常重要。
薩爾達傳說 織夢島 困難模式簡介
如果在困難模式中被敵人包圍，承受連續攻擊的話會被秒殺。有多個敵人在場時，推薦只接近一個敵人，將其引誘過來，或者使用遠端武器進行攻擊。裝備藍色衣服提升防禦力，裝備藍色衣服時防禦力翻倍。在困難模式中，敵人攻擊力很強，需要提升防禦力。當然，玩家選擇紅色衣服將攻擊力翻倍也沒有問題。在困難模式中，打倒野外的敵人獲利很少。儘量避免戰鬥，推進迷宮和劇情的發展吧。
在困難模式中，打倒敵人、割草的時候不會出現心。所以需要使用妖精瓶子、秘密藥品、蘋果來進行回復。
妖精瓶子
妖精瓶子可隨時進行回復，而且在心變為0的時候可以進行全部回復，能夠當場復活。是困難模式必備的回復手段。
秘密藥品
秘密藥品在心變為0的時候可以進行全部回復，能夠當初復活這點和妖精瓶子一樣，但和妖精瓶子有個巨大的區別，就是無法隨時使用。妖精瓶子可以隨時使用，但秘密藥品只有在心變為0的時候才能使用。
蘋果
在野外看到長著蘋果的樹，可通過衝刺撞擊樹幹，讓蘋果掉下來。當生命值不足的時候靠近蘋果，會自動拾取並恢復一顆心。當生命值不足的時候，看見蘋果樹就回復一下吧！
