本作因為有非常人性化的地圖標識系統，寶箱並不難發現。監獄囚人篇遇到的迷宮裡的寶箱均不計入獎盃條件，所有寶箱都能在最終幕補，這裡主要講幾處難點。
伊蘇9 全寶箱位置攻略一覽
| 首先是城裡的幾處隱藏區域，需要異能或隨委託進入(後面可來補)，區域內有寶箱： |
| ①迷宮：繁華街・鎖された道 用猛牛的異能擊碎繁華街南邊塔角下的石牆進入，位置見下圖 寶箱：5(鷹技能書)  |
| ②繁華街・滝裏の廃保管庫 在繁華街北邊的瀑布中，使用鷹的異能飛過水簾直接進入，位置見下圖 寶箱：1  |
| ③貧民街・隠蔽の備蓄庫 在貧民街某處高臺的塗鴉旁可使用人偶的異能開隱藏機關，進入，位置見下圖 寶箱：4  |
| ④中央區・気密の薬品庫 在中央區的噴水廣場西南方，一處塗鴉旁可使用人偶的異能開隱藏機關，進入，位置見下圖 寶箱：4  |
| ⑤正門通り・水路の暗室 在正門通り傳送點旁下方的水路中，使用背教者的異能進入，位置見下圖 寶箱：1  |
| ⑥職人街・忘れられた兵裝庫 在職人街景點旁坡道腳下，使用背教者的異能進入，位置見下圖 寶箱：1  |
| ⑦文化保護區・虛ろなる禮具室 在文化保護區雕像附近，使用背教者的異能進入，位置見下圖 寶箱：1(猛牛技能書)  |
| ⑧迷宮：ダンデリオン・舊き地下道 第5部委託「美女に誘われて」，位置位於酒館本部地下1F的房間 寶箱：2  |
| ⑨迷宮：監獄外環區・秘寶への道 第8部委託「魅惑の秘寶探索」 寶箱：3 |
| 監獄都市里因為高低差的存在，寶箱可能會因為太高了沒法探查到，主要是騎士團管理區這一塊。 |
騎士團管理區地圖： |
易漏寶箱1：（這裡先用兩段跳接一個天空散步爬上去）  |
易漏寶箱2： |
| 第6部末背教者加入後，可使用異能潛入屋內拿到城裡的3處寶箱： |
位於正門通り |
位於繁華街 |
位於騎士團管理區 |
| 迷宮呻きの橫穴 |
第一個寶箱很容易漏掉，在一開始的道路左邊有處地方可以飛過去後緊接著連上天空散步跑上去，蓄力擊碎石柱即可拿到 |
| 迷宮石切り場跡 |
中途來到岩漿場景後，有個寶箱同樣需要飛過去接一個天空散步爬到對面平臺拿到，詳見下圖 |
| 迷宮古バルドゥーク要塞——大罪の牢域 |
西南側的寶箱建議裝備上降魔具「古神の寶珠」（異能槽消耗減半）去取，之後一個滑翔接 再滑翔+天空散步爬上平臺，詳見下圖 |
| 迷宮古バルドゥーク要塞——深部 |
中央區域有4個寶箱，其中有2個在上方，詳見下圖 |
