《萊莎的鍊金工房3 ～終結之鍊金術士與秘密鑰匙～》發生在前作的 1 年後，庫肯島的周遭突然誕生了一座「柯克群島」，在島嶼遺跡的深處有個令人嘆為觀止的巨大門扉，就在萊莎靠近之時，腦中奇妙地響起邀請她前往「萬象大典」的神祕聲音。在這最後的夏天，萊莎一行人將展開關於「鑰匙」與「鍊金術根源」的宏大冒險之旅。